Существует достаточно много способов добавления (подключения) скриптов к Magento. Какой из них наиболее грамотный? Действительно,технически подключить скрипт возможно в любом phtml файле. Так зачем что-то еще делать? Дело в том что в Magento существует функция сжатия css и javascript, которая улучшает быстодействие. Но скрипт, прописанный в phtml файле не сожмется. Поэтому более правильный способ - подключение через xml файл.

Для этого в файле page.xml добавим в секцию

> <block type="page/html_head" name="head" as="head"> </pre> следуещее:

<block type="core/text" name="userapi">
<action method="addJs"><script>path/to/my/file.js</script></action>
</block>
</pre>