Существует достаточно много способов добавления (подключения) скриптов к Magento. Какой из них наиболее грамотный? Действительно, технически подключить скрипт возможно в любом phtml файле. Так зачем что-то еще делать? Дело в том что в Magento существует функция сжатия css и javascript, которая улучшает быстродействие. Но скрипт, прописанный в phtml файле не сожмется. Поэтому более правильный способ - подключение через xml файл.
Для этого в файле page.xml добавим в секцию
<block type="page/html_head" name="head" as="head"> </pre>
следующее:<block type="core/text" name="userapi"> <action method="addJs"><script>path/to/my/file.js</script></action> </block> </pre>